浦上川の川岸から稲佐山に至る小高い丘の上にあった同校は、8月9日は児童の登校はなく、職員は一人を除いて全員出勤していた。

　原爆の炸裂で南側の木造校舎は倒壊、鉄筋コンクリート3階建校舎2棟も窓ガラスが吹き飛び、鉄製の窓枠が破損した。鉄骨トタン造りの講堂（体育館）は大破し、原爆炸裂時に発火したが、初期消火活動で一部を焦がした程度で全焼は免れた。

　昭和20年10月、長崎市教育会による調査では、同校の昭和20年7月末の児童在籍870人、原爆による死者105人、職員6月末在籍24人、死者1人となっている。