爆心地に近い浜口町三菱長崎工業青年学校工場は、木造2階建4棟の建物は全壊全焼し、玉木淳介工場長以下約350人の従業員が全滅した。
工場従業員の救出および捜索は、造船所救援隊によって工場の内外、周辺地域まで展開されたが、女子挺身隊を除いて、工員にも学徒報国隊にも行方不明者が多い。ことに、学徒報国隊にはそれが著しい。