護国神社は昭和17年12月、本殿、祝詞殿、拝殿、神饌所、祭器庫、翼廊、大鳥居など主要部分が落成したのだが、これらすべてが全焼した。

　この原爆時の状況を、「八月九日　長崎市空襲災害概要報告書」では次のように報告している。

　八月九日ノ空襲ニ依リマシテ御覧ノ通リ一瞬ニシテ吹キ飛バサレ、鰹木ノ如キハアノ通リ山ノ上ニハネ上ゲラレタノヲ初メ、大鳥居モ地下一メートルニ及ブコンクリート下ニ埋メラレテアリマシタガポット掘リ上ゲラレテ三間余飛バサレ、笠木ハコレマタアノ場所マデ来タ次第デアリマス。其ノ上類焼デハナク全ク自然発火ニヨリマシテ炎焼致シ、全ク灰燼ニ帰シタノデアリマス。
　当日社司ハ市庁ニアリマシタタメ戦災ヨリ免レマシタノデ、急遽帰宅シテ早速御霊代ヲ長与村岩渕神社ニ奉遷致シマスト共ニ八方救助ニ当リマシタガ、不幸ニシテ社掌二名、工事関係者三名、教学課員四名死亡、社司ノ家族二名共重傷後死亡イタシマシタ。スナワチ当日、本神社ニアリマシタ者ハ全部死亡シタ訳デアリマス」

　前記のような被害状況であったが、高台で遮るものが無かったため、境内地一面に敷きつめられていた黒い玉石は露出面が熱線で焼け赤茶けていた。